Rukopisni fond tvori 1990 zbirki jedinstvenih tekstovnih i notnih zapisa nastalih i prikupljenih u okviru redovne znanstveno-istraživačke i stručne djelatnosti Instituta, no i materijali prepisani iz drugih arhiva, nabavljeni otkupom ili poklonjeni. Premda se u fondu nalaze i zapisi (uglavnom preslike) iz perioda od 15. do 19. st., poglavito se radi o građi koja dokumentira 20. i 21. stoljeće.
Osobitu vrijednost imaju melografski zapisi koji tvore unikatnu zbirku. U svrhu zaštite započela je njihova digitalizacija i do ovoga su trenutka skenirane 183 zbirke notnih zapisa nastalih između 1932. i 1969.